Biodiversitätsinformatik

Unsere Aufgabe

In der Biodiversitätsinformatik beschäftigen wir uns mit allem, was mit Informationen über das Vorkommen, der Verbreitung und dem Aussehen von Biologischen Organismen zu tun hat.

Hierfür werden Datenmodelle und Tools entwickelt und genutzt um die Aufnahme von Daten, deren Weiterverarbeitung und Nutzung auch in einem weiteren Kontext zu ermöglichen. Ein Schwerpunkt liegt aber auf der Nachhaltigkeit, also der Langzeit-Perspektive für die Daten und der Semantik der Daten, also der Bedeutung. Ziel ist es, die Informationen auch interdisziplinär transparent und wiederverwendbar zur Verfügung zustellen. Wir verpflichten uns der Berlin Declaration on Open Access to Knowledge und streben an alle Informationen nach den FAIR Prinzipien bereit zu stellen.

Unsere Inhalte

Änderung der Verbreitung von Arten im Laufe der Zeit
Nischenmodellierung
Online-Kataloge für Arten
Zuverlässige taxonomische Kataloge
Komplexe biologische Wechselwirkungen (z.B. Gesundheit, Ernährungssicherheit, Umweltqualität, nationale Sicherheit)

Schwerpunkte

Forschung an Biodiversitätsdaten und Open Knowledge
Digitalisierung von Naturwissenschaftlichen Sammlungen
Aufbau von Infrastruktur

Kernpunkt der Foschung ist die Strukturierung von "Big Data" und die Darstellung von morphologischen Phenotypen. Dies wird in dem Projekt "eScience-Compliant Standards for Morphology - the MDB Prototype" verfolgt (https://github.com/MorphDBase/MDB-prototype und https://proto.morphdbase.de).

Für die Digitaliserung der Naturwissenschaftlichen Sammlungen wird die Diversity Workbench suite (https://www.diversityworkbench.net) als zentrales Datenverwaltungs-Framework eingesetzt. Die digitalen Sammlungskataloge werden auf dem Hauseigenen Sammlungsportal https://collections.zfmk.de), GBIF und Europeana veröffentlicht. Ganze Datensätze aus z. B. Publikationen werden mit einer eigenen DOI über GFBio veröffentlicht.

Dr. Peter Grobe

Leitung Sektion
Biodiversitätsinformatik

Tel.: +49 228 9122 342
E-Mail: p.grobe@leibniz-lib.de

Projekte

Alle Projekte

Unbekanntes Deutschland
Leitung: Prof. Dr. Bernhard Misof
NFDI4Biodiversity
Leitung: Dr. Peter Grobe
1KITE
Leitung: Prof. Dr. Bernhard Misof

Publikationen

| von

2025

2025/3
Moore, J., Garilao, C., Kerbl, A.
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An annotated catalog of Annelida types at the Museum of Nature Hamburg, Zoology. Part I: Annelida: Errantia: Aciculata: Eunicida, Myzostomida, Aciculata incertae sedis, and Errantia: Protodriliformia
Evolutionary Systematics, 1, 9
2025/1
Mozer, A., Di‐Nizo, C.B., Consul, A., Huettel, B., Jäger, R., Akintayo, A., Erhardt, C., Fenner, L., Fischer, D., Forat, S., Gimnich, F., Grobe, P., Martin, S., Nathan, V., Saeed, A., von der Mark, L., Woehle, C., Olek, K., Misof, B., Astrin, J.J.
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FOGS: A SNPSTR Marker Database to Combat Wildlife Trafficking and a Cell Culture Bank for Ex‐Situ Conservation
Molecular Ecology resources

2024

2024/10
Bräunig, C., Meid, S., Quast, B., Rduch, V., Grobe, P.
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The ASV Registry: a place for ASVs to be
Metabarcoding and Metagenomics, 8
2024/9
Ruff, M., Wellsow, J., Weiss, M., Rach, B., Triebel, D.
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4 Datenmanagement – 4.3 Management von Vorkommensdaten, Umfang und Herkunft der Datenbestände
2024/5
Tarkhnishvili, D., Seropian, A., Erhardt, C., Kachlishvili, N., Krammer, H., Hein, N.
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How dispersal rates depend on the prey capture strategy: A case study of Georgia's spiders
Ecology and Evolution, 5, 14

2023

2023/6
Nöske, N., Bräunig, C.
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Das FörTax-Datenportal ist online - „Taxonomische Bildungsangebote auf einen Blick“ bundesweit verfügbar

2022

2022/8
Grobe, P., Gemeinholzer, B., Kirse, A., Saeed, A., Bourlat, S.J.
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Data Flows for Metabarcoding-based Monitoring in the Project Automated Multisensor Stations for Monitoring of Biodiversity
Biodiversity Information Science and Standards, 6

2019

2019/1
Vogt, L., Baum, R., Bhatty, P., Köhler, C., Meid, S., Quast, B., Grobe, P.
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SOCCOMAS: a FAIR web content management system that uses knowledge graphs and that is based on semantic programming
2019

2018

2018/12
Vogt, L., Baum, R., Köhler, C., Meid, S., Quast, B., Grobe, P.
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Using Semantic Programming for Developing a Web Content Management System for Semantic Phenotype Data
2018/5
Köhler, C., Baum, R., Grobe, P., Meid, S., Quast, B., Vogt, L.
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Using Semantics for morphological Descriptions in Morph•D•Base
2
2018/5
Baum, R., Grobe, P., Köhler, C., Meid, S., Quast, B., Vogt, L.
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Entry Life-Cycle with automatic Change-History & Provenance Tracking in collaborative Semantic Web Content Management Systems as implemented in SOCCOMAS
2

2017

2017/12
Rulik, B., Eberle, J., Mark, L.v.d., Thormann, J., Jung, M., Köhler, F., Apfel, W., Weigel, A., Kopetz, A., Köhler, J., Fritzlar, F., Hartmann, M., Hadulla, K., Schmidt, J., Hörren, T., Krebs, D., Theves, F., Eulitz, U., Skale, A., Rohwedder, D., Kleeberg, A., Astrin, J.J., Geiger, M.F., Wägele, J.W., Grobe, P., Ahrens, D.
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Using taxonomic consistency with semi‐automated data pre‐processing for high quality DNA barcodes
Methods in Ecology and Evolution, 12, 8
2017/8
Meid, S., Baum, R., Bhatty, P., Grobe, P., Köhler, C., Quast, B., Vogt, L.
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SOCCOMAS: A Self-Describing and Content-Independent Application for Semantic Ontology-Controlled Web-Content-Management-Systems
1
2017/7
Köhler, C., Baum, R., Bhatty, P., Grobe, P., Meid, S., Quast, B., Vogt, L.
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Semantic Annotations of Text and Images in Morph∙D∙Base
1
2017/7
Meid, S., Baum, R., Bhatty, P., Grobe, P., Köhler, C., Quast, B., Vogt, L.
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Developing a Module for Generating Formalized Semantic Morphological Descriptions for Morph∙D∙Base
1

2015

2015/6
Ekin, T., von Döhren, J., Quast, B., Beckers, P., Bartolomaeus, T.
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Phylogenetic significance of chaetal arrangement and chaetogenesis in Maldanidae (Annelida)
3, 134
2015/5
Astrin, J., Fonseca, V., Geiger, M., Grobe, P., Rulik, B., Waegele, W.
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Lessons from the first phase of the German Barcode of Life initiative (2012-2015)
5, 58

2012

2012/12
Vogt, L., Grobe, P., Quast, B., Bartolomaeus, T.
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Fiat or Bona Fide Boundary—A Matter of Granular Perspective
12, 7
2012/1
Vogt, L., Grobe, P., Quast, B., Bartolomaeus, T.
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Accommodating Ontologies to Biological Reality—Top-Level Categories of Cumulative-Constitutively Organized Material Entities
1, 7

2011

2011/4
Vogt, L., Grobe, P., Quast, B., Bartolomaeus, T.
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Top-Level Categories of Constitutively Organized Material Entities - Suggestions for a Formal Top-Level Ontology
4, 6

Mitarbeitende

Alle Mitarbeitende

Christian Bräunig
ztm Biodiversitätsinformatik Wissenschaftlerin / Wissenschaftler
E-Mail: c.braeunig@leibniz-lib.de
Christoph Erhardt
ztm Biodiversitätsinformatik Wissenschaftlerin / Wissenschaftler
Tel.: +49 228 9122 248
E-Mail: c.erhardt@leibniz-lib.de
Cristina Therese Garilao
ztm Biodiversitätsinformatik Wissenschaftlerin / Wissenschaftler
Tel.: +49 40 238317 707
E-Mail: c.garilao@leibniz-lib.de
Dr. Peter Grobe
ztm Biodiversitätsinformatik Wissenschaftlerin / Wissenschaftler
Tel.: +49 228 9122 342
E-Mail: p.grobe@leibniz-lib.de
Dr. Björn Quast
ztm Biodiversitätsinformatik Wissenschaftlerin / Wissenschaftler
Tel.: +49 228 9122 347
E-Mail: b.quast@leibniz-lib.de
Dipl. Biol. Birgit Rach
ztm Biodiversitätsinformatik Wissenschaftlerin / Wissenschaftler
Tel.: +49 228 9122 422
E-Mail: b.rach@leibniz-lib.de

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