Zum Inhalt springen

Statistische Phylogenomik und Maschinelles Lernen 

Unsere Aufgabe

Die statistische Phylogenetik beschäftigt sich mit systematischen und statistischen Fehlern in der Phylogenie.

Bei der Rekonstuktion phylogenetischer Bäume (Stammbäume) werden eine Reihe Modellannahmen über den Verlauf der tatsächlichen Evolution gemacht. Treffen diese Annahmen nicht zu, so ist die Rekonstruktion des Stammbaums unsicher. Eine wichtige Aufgabe ist es, Effekte, die zur Rekonstruktion von falschen phylogenetischer Bäume führen, zu erkennen und nachzuweisen.

Ansprechpartner

Dr. Christoph Mayer

  • Sektionsleitung
  • Vorsitzender Personalrat
  • Stellvertretender Datenschutzbeauftragter

Tel.: +49 228 9122 403
E-Mail: c.mayer@leibniz-lib.de

Projekte

Publikationen

| von

    2025

  • 2025/3

    Arsic, P., Mayer, C.

    Mehr anzeigen...

    Ali-U-Net: A Convolutional Transformer Neural Net for Multiple Sequence Alignment of DNA Sequences. A proof of concept

  • 2025/1

    Schöneberg, Y., Audisio, T.L., Ben Hamadou, A., Forman, M., Král, J., Kořínková, T., Líznarová, E., Mayer, C., Prokopcová, L., Krehenwinkel, H., Prost, S., Kennedy, S.

    Mehr anzeigen...

    Three Novel Spider Genomes Unveil Spidroin Diversification and Hox Cluster Architecture: Ryuthela nishihirai (Liphistiidae), Uloborus plumipes (Uloboridae) and Cheiracanthium punctorium (Cheiracanthiidae)

    Molecular Ecology resources, 1, 25

  • 2024

  • 2024/12

    Dietz, L., Kukowka, S., Eberle, J., Mayer, C., Niehuis, O., Podsiadlowski, L., Ahrens, D.

    Mehr anzeigen...

    Museomics reveal origins of East African Pleophylla forest chafers and Miocene forest connectivity

    Molecular Phylogenetics and Evolution, 201

  • 2024/11

    Kulikov, N., Derakhshandeh, F., Mayer, C.

    Mehr anzeigen...

    Machine learning can be as good as maximum likelihood when reconstructing phylogenetic trees and determining the best evolutionary model on four taxon alignments

    Molecular Phylogenetics and Evolution, 200

  • 2024/8

    Bartsch, S.B., Vogel, J., Ankermann, A., Mayer, C., Peters, R.S.

    Mehr anzeigen...

    Protocol for the preparation of Wings and Wing Interference Pattern Imaging from ethanol preserved specimens

  • 2024/8

    Vogel, J., Forshage, M., Bartsch, S.B., Ankermann, A., Mayer, C., Falkenhausen, P.v., Rduch, V., Müller, B., Braun, C., Krammer, H., Peters, R.S.

    Mehr anzeigen...

    Integrative characterisation of the Northwestern European species of Anacharis Dalman, 1823 (Hymenoptera, Cynipoidea, Figitidae) with the description of three new species

    Journal of Hymenoptera Research, 97

  • 2024/8

    Fuhrmann, N., Brasseur, M.V., Bakowski, C.E., Podsiadlowski, L., Prost, S., Krehenwinkel, H., Mayer, C.

    Mehr anzeigen...

    Chromosome-Level Genome Assembly of the Viviparous Eelpout Zoarces viviparus

    Genome biology and evolution, 8, 16

  • 2024/8

    B. Bartsch, S., Vogel, J., Ankermann, A., Mayer, C.

    Mehr anzeigen...

    Protocol for the preparation of Wings and Wing Interference Pattern Imaging from ethanol preserved specimens v1

  • 2024/7

    Frandsen, P.B., Holzenthal, R.W., Espeland, M., Breinholt, J., Thomas Thorpe, J.A., Simon, S., Kawahara, A.Y., Plotkin, D., Hotaling, S., Li, Y., Nelson, C.R., Niehuis, O., Mayer, C., Podsiadlowski, L., Donath, A., Misof, B., Moriarty Lemmon, E., Lemmon, A., Morse, J.C., Liu, S., Pauls, S.U., Zhou, X.

    Mehr anzeigen...

    Phylogenomics recovers multiple origins of portable case making in caddisflies (Insecta: Trichoptera), nature’s underwater architects

    Proceedings - Royal Society. Biological sciences/Proceedings - Royal Society. Biological Sciences, 2026, 291

  • 2024/4

    Dietz, L., Eberle, J., Mayer, C., Kukowka, S., Bohacz, C., Baur, H., Espeland, M., Huber, B., Hutter, C., Mengual, X., Peters, R., Vences, M., Wesener, T., Willmott, K., Misof, B., Niehuis, O., Ahrens, D.

    Mehr anzeigen...

    Standardized nuclear markers improve and homogenize species delimitation in Metazoa (vol 14, pg 543, 2023)

    Methods in Ecology and Evolution, 4, 15

  • 2023

  • 2023/12

    Dietz, L., Mayer, C., Stolle, E., Eberle, J., Misof, B., Podsiadłowski, L., Niehuis, O., Ahrens, D.

    Mehr anzeigen...

    Metazoa‐level USCOs as markers in species delimitation and classification

    Molecular Ecology resources, 3, 24

  • 2023/10

    Brasseur, M.V., Leese, F., Schäfer, R.B., Schreiner, V.C., Mayer, C.

    Mehr anzeigen...

    Transcriptomic sequencing data illuminate insecticide-induced physiological stress mechanisms in aquatic non-target invertebrates

    335

  • 2023/9

    Brasseur, M.V., Buchner, D., Mack, L., Schreiner, V.C., Schäfer, R.B., Leese, F., Mayer, C.

    Mehr anzeigen...

    Multiple stressor effects of insecticide exposure and increased fine sediment deposition on the gene expression profiles of two freshwater invertebrate species

    1, 35

  • 2023/6

    Dietz, L., Seidel, M., Eberle, J., Misof, B., Pacheco, T.L., Podsiadłowski, L., Ranasinghe, S., Gunter, N.L., Niehuis, O., Mayer, C., Ahrens, D.

    Mehr anzeigen...

    A transcriptome‐based phylogeny of Scarabaeoidea confirms the sister group relationship of dung beetles and phytophagous pleurostict scarabs (Coleoptera)

    Systematic entomology, 4, 48

  • 2023/4

    Efficient extraction of mitochondrial genes from next‐generation sequencing libraries

    Methods in Ecology and Evolution, 4, 14

  • 2023/2

    Dietz, L., Eberle, J., Mayer, C., Kukowka, S., Bohacz, C., Baur, H., Espeland, M., Huber, B.A., Hutter, C.R., Mengual, X., Peters, R.S., Vences, M., Wesener‍, T., Willmott, K.R., Misof, B., Niehuis, O., Ahrens, D.

    Mehr anzeigen...

    Standardized nuclear markers improve and homogenize species delimitation in Metazoa

    Methods in Ecology and Evolution, 2, 14

  • 2022

  • 2022/12

    Brasseur, M.V., Beermann, A.J., Elbrecht, V., Grabner, D., Peinert-Voss, B., Salis, R.K., Weiss, M., Mayer, C., Leese, F.

    Mehr anzeigen...

    Impacts of multiple anthropogenic stressors on the transcriptional response of Gammarus fossarum in a mesocosm field experiment

    1, 23

  • 2022/10

    Mengual, X., Mayer, C., Burt, T.O., Moran, K.M., Dietz, L., Nottebrock, G., Pauli, T., Young, A.D., Brasseur, M.V., Kukowka, S., Kelso, S., Etzbauer, C., Bot, S., Hauser, M., Jordaens, K., Miranda, G.F.G., Ståhls, G., van Steenis, W., Peters, R.S., Skevington, J.H.

    Mehr anzeigen...

    Systematics and evolution of predatory flower flies (Diptera: Syrphidae) based on exon‐capture sequencing

    2, 48

  • 2022/6

    Joshi, M., Espeland, M., Dincă, V., Vila, R., Tahami, M.S., Dietz, L., Mayer, C., Martin, S., Dapporto, L., Mutanen, M.

    Mehr anzeigen...

    Delimiting continuity: Comparison of target enrichment and double digest restriction‐site associated DNA sequencing for delineating admixing parapatric Melitaea butterflies

    Systematic entomology, 4, 47

  • 2022/4

    Flury, J.M., Hilgers, L., Herder, F., Spanke, T., Misof, B., Wowor, D., Boneka, F.B., Wantania, L.L., Mokodongan, D.F., Mayer, C., Nolte, A.W., Schwarzer, J.

    Mehr anzeigen...

    The genetic basis of a novel reproductive strategy in Sulawesi ricefishes: How modularity and a low number of loci shape pelvic brooding

    Evolution, 5, 76

  • 2021

  • 2021/11

    Kohli, M.K., Letsch, H., Greve, C., Béthoux, O., Deregnaucourt, I., Liu, S., Zhou, X., Donath, A., Mayer, C., Podsiadłowski, L., Gunkel, S., Machida, R., Niehuis, O., Rust, J., Wappler, T., Xin, Y., Misof, B., Ware, J.L.

    Mehr anzeigen...

    Evolutionary history and divergence times of Odonata (dragonflies and damselflies) revealed through transcriptomics

    iScience, 11, 24

  • 2021/10

    Vasilikopoulos, A., Balke, M., Kukowka, S., Pflug, J.M., Martin, S., Meusemann, K., Hendrich, L., Mayer, C., Maddison, D.R., Niehuis, O., Beutel, R.G., Misof, B.

    Mehr anzeigen...

    Phylogenomic analyses clarify the pattern of evolution of Adephaga (Coleoptera) and highlight phylogenetic artefacts due to model misspecification and excessive data trimming

    Systematic entomology, 4, 46

  • 2021/9

    Stringer, D.N., Bertozzi, T., Meusemann, K., Delean, S., Guzik, M.T., Tierney, S.M., Mayer, C., Cooper, S.J., Javidkar, M., Zwick, A., Austin, A.D.

    Mehr anzeigen...

    Development and evaluation of a custom bait design based on 469 single-copy protein-coding genes for exon capture of isopods (Philosciidae: Haloniscus)

    PloS one, 9, 16

  • 2021/7

    Letsch, H., Simon, S., Frandsen, P.B., Liu, S., Machida, R., Mayer, C., Misof, B., Niehuis, O., Zhou, X., Wipfler‍, B.

    Mehr anzeigen...

    Combining molecular datasets with strongly heterogeneous taxon coverage enlightens the peculiar biogeographic history of stoneflies (Insecta: Plecoptera)

    Systematic entomology, 4, 46

  • 2021/3

    Mayer, C., Dietz, L., Call, E., Kukowka, S., Martin, S., Espeland, M.

    Mehr anzeigen...

    Adding leaves to the Lepidoptera tree: capturing hundreds of nuclear genes from old museum specimens

    Systematic entomology, 3, 46

  • 2021/3

    Call, E., Mayer, C., Twort, V., Dietz, L., Wahlberg, N., Espeland, M.

    Mehr anzeigen...

    Museomics: Phylogenomics of the Moth Family Epicopeiidae (Lepidoptera) Using Target Enrichment

    Insect systematics and diversity, 2, 5

  • 2021/2

    Bayless, K.M., Trautwein, M., Meusemann, K., Shin, S., Petersen, M., Donath, A., Podsiadłowski, L., Mayer, C., Niehuis, O., Peters, R.S., Meier, R., Kutty, S.N., Liu, S., Zhou, X., Misof, B., Yeates, D.K., Wiegmann, B.M.

    Mehr anzeigen...

    Beyond Drosophila: resolving the rapid radiation of schizophoran flies with phylotranscriptomics

    BMC biology, 1, 19

  • 2021/1

    Pauli, T., Meusemann, K., Kukowka, S., Sann, M., Donath, A., Mayer, C., Oeyen, J.P., Ballesteros, Y., Berg, A., van den Berghe, E., Escalona, H.E., Guglielmino, A., Niehuis, M., Fusu, L., Podsiadłowski, L., Polidori, C., de Rond, J., Rosa, P., Schmitt, T., Strumia, F., Wurdack, M., Liu, S., Zhou, X., Misof, B., Peters, R.S., Niehuis, O.

    Mehr anzeigen...

    Analysis of RNA-Seq, DNA Target Enrichment, and Sanger Nucleotide Sequence Data Resolves Deep Splits in the Phylogeny of Cuckoo Wasps (Hymenoptera: Chrysididae)

    1, 5

  • 2020

  • 2020/12

    Biswas, M.K., Bagchi, M., Biswas, D., Harikrishna, J.A., Liu, Y., Li, C., Sheng, O., Mayer, C., Guo, L., Deng, G.

    Mehr anzeigen...

    Genome-Wide Novel Genic Microsatellite Marker Resource Development and Validation for Genetic Diversity and Population Structure Analysis of Banana

    12, 11

  • 2020/11

    Meusemann, K., Trautwein, M., Friedrich, F., Beutel, R.G., Wiegmann, B.M., Donath, A., Podsiadlowski, L., Petersen, M., Niehuis, O., Mayer, C., Bayless, K.M., Shin, S., Liu, S., Hlinka, O., Minh, B.Q., Kozlov, A., Morel, B., Peters, R.S., Bartel, D., Grove, S., Zhou, X., Misof, B., Yeates, D.K.

    Mehr anzeigen...

    Are fleas highly modified Mecoptera? Phylogenomic resolution of Antliophora (Insecta: Holometabola)

Mitarbeitende

Datenschutz­einstellungen
Diese Seite nutzt Cookies und Elemente Dritter, um Ihnen bestimmte Funktionen und ein optimales Webseiten-Erlebnis zu bieten. Dazu zählen Cookies, die für den Betrieb der Seite unbedingt notwendig sind, Cookies zur anonymen statistischen Analyse/Messung sowie die Einbettung von externen Diensten, deren Verwendung Sie vor der Nutzung zustimmen müssen. Weitere Informationen finden Sie unten bei den Hinweisen zu den einzelnen Funktionen sowie ausführlich in unseren Datenschutzhinweisen.
Diese Cookies sind notwendig, um die Basisfunktionen unserer Webseiten zu ermöglichen.
Diese Einwilligung erlaubt es Ihnen externe Inhalte (via IFrame) anzusehen.
Diese Einwilligung erlaubt es Ihnen eingebettete Videos anzusehen.
Seitenaufrufe werden zu anonymen statistischen Zwecken mit Matomo erfasst, um unsere Website stetig zu optimieren. Die IP-Adresse des Besuchers wird anonymisiert.
Marketing-Cookies von Google/Meta werden verwendet, um personalisierte Werbung anzuzeigen. Dies geschieht durch die Verfolgung der Besucher über Websites hinweg.
Einstellungen gespeichert