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Vergleichende Genomik Wirbeltiere, Bonn

Unsere Aufgabe

Die vergleichende Analyse von Genomen und Transkriptomen etabliert sich als ein elementarer Bestandteil der Biodiversitätsforschung. Neue Sequenziertechnologien sowie Entwicklungen von Analysemethoden und Algorithmen ermöglichen es uns Proben aus Sammlungen und der Umwelt, insbesondere von Nichtmodellorganismen, sowie gesamte Populationen zu untersuchen.

Die Sektion Biodiversitätsgenomik am zmb analysiert genomische Daten in einem evolutionären Kontext und versucht damit, phänotypische und genomische Veränderungen zu verknüpfen um Biodiversität besser zu verstehen.

Verknüpfung von Genotyp und Phänotyp

Dr. Astrid Böhne vertritt diese Sektion mit einer herausragenden Expertise in den Bereichen de novo Sequenzierung und Assemblierung sowie vergleichender genomweiter Analysen.
Der Fokus dieser Sektion liegt dabei auf der genomischen Architektur von phänotypischen Neuigkeiten und adaptiven Eigenschaften sowie Artbildungsprozessen.

Projekte der Sektion Vergleichende Genomik - Wirbeltiere beschäftigen sich im Detail mit Populationsdynamiken, Artenbildung, Genfluß, Hybridisierung, Adaptation und Konflikten zwischen den Geschlechtern.

Biodiversität

Wir interessieren uns für den Ursprung, die Interaktion und Verteilung von neuen Arten und fokussieren uns dabei insbesondere auf extrem erfolgreiche Tiergruppen die Teil von Artbildungs-Hotspots und (adaptiven) Radiationen sind aber auch invasive und hybridisierende Arten um Treiber und Bedrohungen von Biodiversität genomisch zu verstehen.

 

Ansprechperson

Projekte

Publikationen

| von

    2025

  • 2025/06

    Reichel, K., Pohjoismäki, J., Astrin, J., Böhne, A., Bortoluzzi, C., Campo, J.d., Ciofi, C., Di-Nizo, C.B., Divakar, P.K., Greve, C., Hampl, V., Hilgers, L., Laine, V.N., Leonard, J.A., Lozano-Fernandez, J., Bilela, L.L., Mazzoni, C., McCartney, A., Melo-Ferreira, J., Monteiro, R., Oomen, R.A., Pavlek, M., Pimenta, J., Rindos, M., Seehausen, O., Tarieiev, A., Tomasello, S., Pettersson, O.V., Waterhouse, R.M., Weber, A.A.-T., Zinenko, O., Guttry, C.d.

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    Addressing key challenges in sample handling for high-quality reference genome generation

  • 2025/06

    Blumer, L.M., Burskaia, V., Artiushin, I., Saha, J., Garcia, J.C., Jiménez, F.C., Hooft van der Huysdynen, A., Elkin, J., Fischer, B., Van Houtte, N., Zhou, C., Gresham, S., Malinsky, M., Linderoth, T., Sawasawa, W., Vernaz, G., Bista, I., Hickey, A., Kucka, M., Louzada, S., Zatha, R., Yang, F., Rusuwa, B., Santos, M.E., Chan, Y.F., Joyce, D.A., Böhne, A., Miska, E.A., Ngochera, M., Turner, G.F., Durbin, R., Svardal, H.

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    Introgression dynamics of sex-linked chromosomal inversions shape the Malawi cichlid radiation

    Science, 6752, 388

  • 2025/06

    Reichel, K., Pohjoismäki, J., Astrin, J., Böhne, A., Bortoluzzi, C., Buzan, E., Campo, J.d., Ciofi, C., Di-Nizo, C.B., Divakar, P.K., Greve, C., Hampl, V., Hilgers, L., Laine, V.N., Leonard, J.A., Lozano-Fernandez, J., Bilela, L.L., Mazzoni, C., McCartney, A., Melo-Ferreira, J., Monteiro, R., Oomen, R.A., Pavlek, M., Pimenta, J., Rindos, M., Seehausen, O., Tarieiev, A., Tomasello, S., Pettersson, O.V., Waterhouse, R.M., Weber, A.A.-T., Zinenko, O., Guttry, C.d.

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    Addressing key challenges in sample handling for high-quality reference genome generation

  • 2025/06

    Bolanakis, G., Karakasi, D., Trichas, A., Böhne, A., Monteiro, R., Fernández, R., Escudero, N., Bitzilekis, E., Stratakis, M., Lymberakis, P., Poulakakis, N., Genoscope Sequencing Team, ., Moussy, A., Cruaud, C., Labadie, K., Demirdjian, L., Duprat, S., Téodori, E., Wincker, P., H. Oliveira, P., Aury, J., Haggerty, L., Sinha, S., Martin, F., Bortoluzzi, C.

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    ERGA-BGE genome of Dendarusforaminosus: an IUCN Least Concern darkling beetle endemic to Crete (Greece)

    Open Research Europe, 5

  • 2025/05

    Jeffries, D., Benvenuto, C., Böhne, A., Fraisse, C., Garcia, S., Jay, P., Kratochvíl, L., McDonough-Goldstein, C.E., Ruiz-Herrera, A., Sotero-Caio, C.G., Valenzuela, N., Wilson, M.A., Tree of Sex Consortium, ., Jaron, K.S.

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    The Tree of Sex consortium: A global initiative for studying the evolution of reproduction in eukaryotes

    Journal of Evolutionary Biology

  • 2025/05

    Lozano-Fernandez, J., Domènech, M., Ibos, A., Marcussen, T., Struck, T.H., Oomen, R., Böhne, A., Monteiro, R., Aguilera, L., Gut, M., Câmara Ferreira, F., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Alioto, T.S., Haggerty, L., Sinha, S., Martin, F., De Panis, D.

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    ERGA-BGE reference genome of Gluviadorsalis: An endemic sun spider from Iberian arid regions

  • 2025/05

    Letsch, H., Greve, C., Hundsdoerfer, A.K., Irisarri, I., Moore, J.M., Espeland, M., Wanke, S., Arifin, U., Blom, M.P.K., Corrales, C., Donath, A., Fritz, U., Köhler, G., Kück, P., Lemer, S., Mengual, X., Salas, N.M., Meusemann, K., Palandačić, A., Printzen, C., Sigwart, J.D., Silva-Brandão, K.L., Simões, M., Stange, M., Suh, A., Szucsich, N., Tilic, E., Töpfer, T., Böhne, A., Janke, A., Pauls, S.

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    Type genomics: a Framework for integrating Genomic Data into Biodiversity and Taxonomic research

    Systematic Biology

  • 2025/04

    Carranza, S., Fernández-Guiberteau, D., Blasón, L., Palma-Guerrero, J., Fernández, R., Monteiro, R., Böhne, A., Aguilera, L., Gut, M., Câmara Ferreira, F., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Alioto, T., Haggerty, L., Sinha, S., Martin, F., De Panis, D.

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    ERGA-BGE reference genome of the Western Montpellier Snake (Malpolonmonspessulanus), a key species for evolutionary and venom studies

  • 2025/04

    Buzan, E., Bončina, A., Pokorny, B., Escudero, N., Fernández, R., Böhne, A., Monteiro, R., Aguilera, L., Gut, M., Câmara Ferreira, F., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Alioto, T., Haggerty, L., Martin, F., De Panis, D.

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    ERGA-BGE Reference Genome of the Northern chamois (Rupicaprarupicapra): Europe’s most abundant mountain ungulate

  • 2025/04

    Janžekovič, F., Buzan, E., Bončina, A., Escudero, N., Fernández, R., Böhne, A., Monteiro, R., Aguilera, L., Gut, M., Câmara Ferreira, F., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Alioto, T., Haggerty, L., Martin, F., De Panis, D.

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    ERGA-BGE reference genome of the Striped Field Mouse (Apodemusagrarius), a widespread and abundant species in Central and Eastern Europe

  • 2025/04

    Vasileiadou, K., Manousaki, T., Dailianis, T., Skouradakis, G., Vernadou, E., Karakasi, D., Böhne, A., Monteiro, R., Fernández, R., Escudero, N., Team, G.S., Moussy, A., Cruaud, C., Labadie, K., Demirdjian, L., Istace, B., Couloux, A., Wincker, P., Oliveira, P.H., Aury, J., Haggerty, L., Sinha, S., Martin, F., Bortoluzzi, C.

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    ERGA-BGE genome of Pinctadaradiata (Leach, 1814): one of the first Lessepsian migrants

  • 2025/04

    Vasileiadou, K., Manousaki, T., Dailianis, T., Skouradakis, G., Vernadou, E., Karakasi, D., Böhne, A., Monteiro, R., Fernández, R., Escudero, N., Team, G.S., Moussy, A., Cruaud, C., Labadie, K., Demirdjian, L., Téodori, E., Duprat, S., Wincker, P., Oliveira, P.H., Aury, J., Haggerty, L., Sinha, S., Martin, F., Bortoluzzi, C.

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    ERGA-BGE genome of Noah`s Ark shell (Arcanoae Linnaeus, 1758), a Mediterranean bivalve species

  • 2025/04

    Pellicer, J., Garnatje, T., Vitales, D., Hidalgo, O., Vallès, J., García-Fernández, A., Santos-Guerra, A., Böhne, A., Monteiro, R., Fernández, R., Escudero, N., Samples and Laboratory Team, W.S.I.T.o.L.M., Sequencing Operations, W.S.I.S.O., Tree of Life Core Informatics Team, W.S.I., Thomas, A., Jackson, B., Wood, J.M., Howe, K., Blaxter, M., McCarthy, S., Haggerty, L., Sinha, S., Martin, F., Bortoluzzi, C.

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    ERGA-BGE genome of Cheirolophustagananensis: an IUCN endangered shrub endemic to the Canary Islands

  • 2025/04

    Decher, J., Schlitter, D., Adu-Tutu, P., Gazzard, A.

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    Baers’s Wood Mouse - Hylomyscus baeri

  • 2025/04

    Ahissa, L., Decher, J., Gazzard, A.

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    Wimmer’s Shrew - Crocidura wimmeri

  • 2025/04

    De Keyzer, E.L.R., Herder, F., Böhne, A., Campuzano Jiménez, F., Burskaia, V., Kukowka, S., Tracey, A., Denton, A., Oatley, G., Wellcome Sanger Institute Tree of Life programme, ., Wellcome Sanger Institute Scientific Operations: DNA Pipelines collective, ., Tree of Life Core Informatics collective, ., Mokodongan, D.F., Wowor, D., Svardal, H.

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    Multiple instances of river-lake introgression in the adaptive radiation of sailfin silversides in Wallace’s Dreampond

  • 2025/04

    Čelik, T., Lokovšek, T., Bužan, E., Böhne, A., Monteiro, R., Fernández, R., Escudero, N., Gut, M., Aguilera, L., Câmara Ferreira, F., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Alioto, T.S., Haggerty, L., Sinha, S., Martin, F., Bortoluzzi, C.

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    ERGA-BGE genome of Coenonymphaoedippus: an IUCN endangered European butterfly species occurring in two ecotypes

  • 2025/04

    Schlebusch, S.A., Trifonov, V., Halenková, Z., Klianitskaya, M., Dedukh, D., Ruiz Herrera, A., Álvarez González, L., Pujol Infantes, G., Hřibová, E., Andjel, L., Bartoš, O., Pajer, P., Tichopád, T., Kulik, D., Kotusz, J., Kaštánková Doležálková, M., Böhne, A., Marta, A., Horna, P., Reifová, R., Guiguen, Y., Pačes, J., Janko, K.

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    Sex chromosome turnover and structural interspecific genome divergence shapes meiotic outcomes in hybridizing Cobitis

  • 2025/03

    Möhring, J., Hüllen, S., Martin, S., Mokodongan, D.F., Wowor, D., Schwarzer, J., Herder, F.

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    Increased phenotypic diversity as a consequence of ecological opportunity in the island radiation of Sulawesi ricefishes (Teleostei: Adrianichthyidae)

    BMC Ecology and Evolution, 1, 25

  • 2025/03

    Lymberakis, P., Karakasi, D., Papadimitrakis, M., Monteiro, R., Böhne, A., Fernández, R., Escudero, N., Aury, J., Moussy, A., Cruaud, C., Labadie, K., Mangenot, S., Belser, C., Demirdjian, L., Sinha, S., Haggerty, L., Martin, F., Wincker, P., Oliveira, P.H., Brown, T.

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    ERGA-BGE genome of Acomysminous (Bate, 1906): the Crete spiny mouse, endemic to the island of Crete, Greece

  • 2025/03

    Ventura, M., Franch, N., Fernández, R., Palma-Guerrero, J., Böhne, A., Monteiro, R., Aguilera, L., Gut, M., Alioto, T.S., Câmara Ferreira, F., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Haggerty, L., Martin, F., Brown, T.

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    ERGA-BGE genome of Valenciahispanica (Valenciennes, 1826): a critically endangered Iberian toothcarp

  • 2025/02

    Wantania, L.L., Koppetsch, T., Möhring, J., Miesen, F.W., Wowor, D., Boneka, F., Herder, F.

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    Sulawesi stream fish communities depend on connectivity and habitat diversity

    Journal of Fish Biology, 106

  • 2025/02

    López, H., Oromí, P., Belles, X., Ylla, G., Escudero, N., Fernández, R., Böhne, A., Gut, M., Aguilera, L., Alioto, T., Ferreira, F.C., Gómez-Garrido, J., Cruz, F., Monteiro, R.

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    ERGA-BGE reference genome of Lobopterasubterranea: a cave adapted cockroach endemic to the Canary Islands

  • 2025/02

    Bein, B., Chrysostomakis, I., Arantes, L.S., Brown, T., Gerheim, C., Schell, T., Schneider, C., Leushkin, E., Chen, Z., Sigwart, J., Gonzalez, V., Wong, N.L.W.S., Santos, F.R., Blom, M.P.K., Mayer, F., Mazzoni, C.J., Böhne, A., Winkler, S., Greve, C., Hiller, M.

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    Long-read sequencing and genome assembly of natural history collection samples and challenging specimens

    Genome Biology, 1, 26

  • 2025/02

    Smith, S.H., Kukowka, S., Böhne, A.

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    Investigation of sex determination in African cichlids reveals lack of fixed sex chromosomes in wild populations

    Journal of Evolutionary Biology

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