ColLomic

Hochwertige Genome sind eine wichtige Grundlage für die biologische und evolutionäre Forschung. 
Die Erstellung von Genomassemblies mit hoher Vollständigkeit und Kontiguität erfordert jedoch idealerweise frische, tiefgefrorene Proben. Die Verfügbarkeit solcher Proben ist zu einer großen Einschränkung für die Biodiversitätsgenomik geworden, insbesondere bei seltenen oder gefährdeten Arten oder solchen, die in abgelegenen Regionen leben.

Andererseits beherbergen die Museumssammlungen Millionen von Proben in Deutschland und weltweit. Während die meisten dieser Proben die DNA nicht gut konservieren, konnte aus in Ethanol konservierten Proben DNA in Kilobase-Größe extrahiert werden, wie von uns und anderen gezeigt wurde. Hier werden wir Museumsproben in Verbindung mit der neuen PacBio HiFi-Sequenzierungstechnologie, die präzise Reads von einigen Kilobasen Länge erzeugt, für die Assemblierung hochwertiger Genome verwenden. Um die Schätze der Museumssammlungen für die Genomsequenzierung und -analyse zu erschließen, etabliert dieses Projekt eine neue Zusammenarbeit zwischen vier Leibniz- und einem Max-Planck-Institut und bringt Experten für DNA-Extraktion, Sequenzierung, Genomassemblierung, Analyse und Phylogenomik zusammen.  

Unsere Ziele sind 

(i) die systematische Untersuchung des Nutzens von Museumsproben für die Extraktion von DNA in Kilobase-Größe und die Entwicklung von Best-Practice-Protokollen, 

(ii) die Erstellung zusammenhängender Assemblies von Wirbeltierarten, die nicht sequenzierte Clades, ikonische oder gefährdete Arten repräsentieren, oder Arten mit interessanten Merkmalen,

(iii) und, aufbauend auf einem Repertoire etablierter genomischer Methoden, diese neu sequenzierten Genome zu annotieren und zu analysieren, um Einblicke in die genomischen Grundlagen phänotypischer Unterschiede, der Phylogenie, der Biogeographie und der Populationsgeschichte zu gewinnen.