Metabarcoding, Bonn

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2025

• 2025/09

  Corrales, C., Bacela-Spychalska, K., Buzan, E., Ekrem, T., Ferreira, S., Goodall-Copestake, W., Kloeke, E.v.O., Hollingsworth, M., Bourlat, S.J.

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  The role of community science in DNA-based biodiversity monitoring

  Molecular Ecology, 19, 34

  https://doi.org/

• 2025/06

  Vos, R.A., Abarenkov, K., Agda, J., Agda, J., Altenburg, R., Bourlat, S.J., Brown, T., Chadwick, E., Cholley, P., Deister, F., Groenenberg, D., islam, S., Juty, N., Kadhirvelu, V.B., Kamouyiaros, M., Lowe, D., Merchant, H., Pauperio, J., Price, B.W., Ratnasingham, S., Soiland-Reyes, S., Staffoni, G., Wei, C., White, O., Koureas, d.

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  Enhancing Digital Infrastructures and Data Handling Practices for Single Specimen Barcoding - the 2024 BGE Barcoding Hackathon

  https://doi.org/

• 2025/03

  Thomas, L.J., Zizka, V.M.A., Noll, N.W., Scherges, A.M., Posanski, M., Bourlat, S.J., Rulik, B., Mühlethaler, R., Lehmann, G.U.C., Koethe, S., Scherber, C., Schäffler, L.

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  Identifying conservation hotspots and assessing species commonness and rarity: Baseline arthropod diversity in German nature reserves via national Malaise trap monitoring

  Insect Conservation and Diversity

  https://doi.org/

• 2025/01

  Leidenberger, S., Wiese, V., Schaumann, F., Pleiss, F., Langen, K., Bourlat, S.J.

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  Freshwater mollusc community screening - Classical and eDNA monitoring methods to detect rare, indicator and invasive species

  Science of the Total Environment, 958

  https://doi.org/

• 2025/01

  Kilian, I.C., Kirse, A., Peters, R.S., Bourlat, S.J., Fonseca, V.G., Wägele, W.J., Hamm, A., Mengual, X.

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  Maximizing Identification Precision of Hymenoptera and Brachycera (Diptera) With a Non‐Destructive Metabarcoding Approach

  Ecology and Evolution, 1, 15

  https://doi.org/

2024

• 2024/09

  Kilian, I.C., Neuhoff, D., Täufer, F., Nabel, M., Kirse, A., Bourlat, S.J., Döring, T.

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  Der Einfluss von Bewirtschaftung und organischer Düngung auf Bodenarthropoden in ackerbaulich genutzten Böden

  0028-0615, 9-10, 99

• 2024/08

  Corrales-Duque, C., Bourlat, S.

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  BGE Milestone MS 2.4b

• 2024/07

  Thomas, L.J., Kirse, A., Raus, H., Langen, K., Nümann, B., Tschan, G., Gemeinholzer, B., Wägele, J.W., Bourlat, S.

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  Synchronised monitoring of plant and insect diversity: a case study using automated Malaise traps and DNA-based methods

  Biodiversity Data Journal, 12

  https://doi.org/

• 2024/02

  Hein, N., Astrin, J.J., Beckers, N., Giebner, H., Langen, K., Löffler, J., Misof, B., Fonseca, V.G.

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  Arthropod diversity in the alpine tundra using metabarcoding: Spatial and temporal differences in alpha‐ and beta‐diversity

  Ecology and Evolution, 2, 14

  https://doi.org/

• 2024/02

  Kirse, A., Paja, M., Reinhold, L., Bourlat, S., Wägele, W.

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  Development of an automated Malaise trap multisampler

  https://doi.org/

• 2024/02

  Zizka, V., Langen, K., Kirse, A., Scherges, A., Bourlat, S.J.

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  Non-destructive DNA extraction and metabarcoding of arthropod bulk samples: a step-by-step protocol

  https://doi.org/

2023

• 2023/11

  Bourlat, S.J., Koch, M., Kirse, A., Langen, K., Espeland, M., Giebner, H., Decher, J., Ssymank, A., Fonseca, V.G.

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  Metabarcoding dietary analysis in the insectivorous bat Nyctalus leisleri and implications for conservation

  Biodiversity Data Journal, 11

  https://doi.org/

• 2023/11

  Hörren, T., Bodingbauer, S., Bourlat, S., Grüneberg, C., Kaiser, M., Kiel, E., Schäffler, L., Scherber, C., Schwan, H., Seitz, A., Stenmans, W., Sumser, H., Zizka, V., Sorg, M.

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  Monitoring der Biodiversität flugaktiver Insekten in NRW

  Nat NRW, 2023, 3

• 2023/11

  Sickel, W., Zizka, V., Scherges, A., Bourlat, S.J., Dieker, P.

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  Abundance estimation with DNA metabarcoding–recent advancements for terrestrial arthropods

  Metabarcoding and Metagenomics, 7

  https://doi.org/

• 2023/10

  Bourlat, S.J., Tschan, G.F., Martín, S., Iqram, M., Leidenberger, S.

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  A red listing gap analysis of molluscs and crustaceans in Northern Europe: What has happened in the last 10 years?

  Biological conservation, 286

  https://doi.org/

• 2023/07

  Chua, P.Y., Bourlat, S.J., Ferguson, C., Korlevic, P., Zhao, L., Ekrem, T., Meier, R., Lawniczak, M.K.

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  Future of DNA-based insect monitoring

  Trends in Genetics, 7, 39

  https://doi.org/

• 2023/05

  Corrales-Duque, C., Bourlat, S.

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  BGE Milestone MS2.4a

2022

• 2022/12

  Bourlat, S., Astrin, J.

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  BGE Deliverable D4.2: Metadata standards

• 2022/08

  Kirse, A., Bourlat, S.J., Langen, K., Zapke, B., Zizka, V.

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  Comparison of destructive and nondestructive DNA extraction methods for the metabarcoding of arthropod bulk samples

  Molecular ecology resources, 1, 23

  https://doi.org/

• 2022/08

  Grobe, P., Gemeinholzer, B., Kirse, A., Saeed, A., Bourlat, S.J.

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  Data Flows for Metabarcoding-based Monitoring in the Project Automated Multisensor Stations for Monitoring of Biodiversity

  Biodiversity Information Science and Standards, 6

• 2022/03

  Wägele, J., Bodesheim, P., Bourlat, S.J., Denzler, J., Diepenbroek, M., Fonseca, V., Frommolt, K., Geiger, M.F., Gemeinholzer, B., Glöckner, F.O., Haucke, T., Kirse, A., Kölpin, A., Kostadinov, I., Kühl, H.S., Kurth, F., Lasseck, M., Liedke, S., Losch, F., Müller, S., Petrovskaya, N., Piotrowski, K., Radig, B., Scherber, C., Schoppmann, L., Schulz, J., Steinhage, V., Tschan, G.F., Vautz, W., Velotto, D., Weigend, M., Wildermann, S.

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  Towards a multisensor station for automated biodiversity monitoring

  Basic and applied ecology, 59

  https://doi.org/

2021

• 2021/12

  Bruce, K., Blackman, R.C., Bourlat, S.J., Hellström, M., Bakker, J., Bista, I., Bohmann, K., Bouchez, A., Brys, R., Clark, K., Elbrecht, V., Fazi, S., Fonseca, V.G., Hänfling, B., Leese, F., Mächler, E., Mahon, A.R., Meissner, K., Panksep, K., Pawłowski, J., Yáñez, P.S., Seymour, M., Thalinger, B., Valentini, A., Woodcock, P., Traugott, M., Vasselon, V., Deiner, K.

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  A practical guide to DNA-based methods for biodiversity assessment

  https://doi.org/

• 2021/10

  Elbrecht, V., Bourlat, S.J., Hörren, T., Lindner, A., Mordente, A., Noll, N.W., Schäffler, L., Sorg, M., Zizka, V.

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  Pooling size sorted Malaise trap fractions to maximize taxon recovery with metabarcoding

  PeerJ, 9

  https://doi.org/

• 2021/08

  Bourlat, S.J., Faust, E., Wennhage, H., Wikström, A., Rigby, K., Vigo, M., Kraly, P., Selander, E., André, C.

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  Wrasse fishery on the Swedish West Coast: towards ecosystem-based management

  ICES journal of marine science, 4, 78

  https://doi.org/

• 2021/07

  Lehmann, G.U., Bakanov, N., Behnisch, M., Bourlat, S.J., Brühl, C.A., Eichler, L., Fickel, T., Geiger, M.F., Gemeinholzer, B., Hörren, T., Köthe, S., Lux, A., Meinel, G., Mühlethaler, R., Poglitsch, H., Schäffler, L., Schlechtriemen, U., Schneider, F.D., Schulte, R., Sorg, M., Sprenger, M., Swenson, S.J., Terlau, W., Turck, A., Zizka, V.M.

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  Diversity of Insects in Nature protected Areas (DINA): an interdisciplinary German research project

  Biodiversity and conservation, 8-9, 30

  https://doi.org/