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Dr. Lars Martin Vogt

  • Leitung Zentrum für Biodiversitäts-Wissensforschung (zcb)

Bundesstraße 43
20146 Hamburg

Tel.: +49 228 9122 342
E-Mail: l.vogt@leibniz-lib.de

Projekte

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Publikationen

| von

    2025

  • 2025/09

    Vogt, L., Mons, B.

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    The Grammar of FAIR: A Granular Architecture of Semantic Units for FAIR Semantics, Inspired by Biology and Linguistics

  • 2025/09

    Alamenciak, T., Arnillas, C.A., Caufield, J.H., Compton, K., DREW, K.M., Frühstückl, R., Heger, T., König‐Ries, B., Mungall, C., Moxon, S., Reese, J., Tardif, J., Vogt, L.

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    Ecolink: Towards a Knowledge Graph Schema for Complex Environmental Systems

  • 2025/08

    Vogt, L., König‐Ries, B., Alamenciak, T., Brian, J.I., Arnillas, C.A., Korell, L., Frühstückl, R., Heger, T.

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    A Framework for FAIR and CLEAR Ecological Data and Knowledge: Semantic Units for Synthesis and Causal Modelling

  • 2025/04

    Vogt, L., Strömert, P., Matentzoglu, N., Karam, N., Konrad, M., Prinz, M., Baum, R.

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    Suggestions for extending the FAIR Principles based on a linguistic perspective on semantic interoperability

    Scientific data, 1, 12

  • 2025/03

    Biniossek, C., Betz, D., Vogt, L., Stocker, M.

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    Towards Machine-Actionable Scientific Knowledge as FAIR Digital Objects

  • 2024

  • 2024/07

    Vogt, L., Konrad, M., Farfar, K.E., Prinz, M., Oelen, A., Prinz, M., Stroemert, P.

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    Rosetta Statements: Simplifying FAIR Knowledge Graph Construction with a User-Centered Approach

  • 2024/07

    Vogt, L.

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    Rethinking OWL Expressivity: Semantic Units for FAIR and Cognitively Interoperable Knowledge Graphs Why OWLs don't have to understand everything they say

  • 2024/05

    Vogt, L., Strömert, P., Matentzoglu, N., Karam, N., Konrad, M., Prinz, M., Baum, R.

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    FAIR 2.0: Extending the FAIR Guiding Principles to Address Semantic Interoperability

  • 2024/01

    Rani, F.A., Wang, X., Charania, Z., Vogt, L., Urbas, L.

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    Scalable data pipeline: Ontology-based OPC UA data access for the industrial internet of things

  • 2023

  • 2023/11

    Vogt, L.

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    FAIR Knowledge Graphs with Semantic Units: a Prototype

  • 2023/11

    Bernard‐Verdier, M., Heger, T., Mietchen, D., Musseau, C., Brinner, M., Hillig, A., Kraker, P., Lokatis, S., Nunes, A.L., Scheidweiler, N., Stocker, M., Vial, R., Vogt, L., Bacher, S., Baklouti, E., Gupta, H.B., Beisel, J., Bertolino, S., Briski, E., Castellanos‐Galindo, G.A., Courchamp, F., Daly, E., Dawson, W., Dickey, J.W.E., Evans, T., Itescu, Y., König‐Ries, B., Kumar, L., Kumschick, S., Meyerson, L.A., Pattison, Z., Pfadenhauer, W.G., Renault, D., Rickowski, F., Ruland, F., Schittko, C., Straka, T.M., Yannelli, F.A., Jeschke, J.M.

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    Building an atlas of knowledge for invasion biology and beyond! 2nd enKORE-INAS Workshop

    Research Ideas and Outcomes, 9

  • 2023/07

    David, R., Baumann, K., Le Franc, Y., Magagna, B., Vogt, L., Widmann, H., Jouneau, T., Koivula, H., Madon, B., Åkerström, W.N., Ojsteršek, M., Scharnhorst, A., Schubert, C., Shi, Z., Tanca, L., Vancauwenbergh, S.

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    Converging on a Semantic Interoperability Framework for the European Data Space for Science, Research and Innovation (EOSC)

  • 2023/07

    Vogt, L., Konrad, M., Prinz, M.

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    Towards a Rosetta Stone for (meta)data: Learning from natural language to improve semantic and cognitive interoperability

  • 2023/04

    Vogt, L., Konrad, M., Prinz, M.

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    Knowledge Graph Building Blocks: An easy-to-use Framework for developing FAIREr Knowledge Graphs

  • 2023/04

    Girón, J.C., Tarasov, S., Montaña, L.A.G., Matentzoglu, N., Smith, A.D., Koch, M., Boudinot, B.E., Bouchard, P., Burks, R.A., Vogt, L., Yoder, M., Osumi-Sutherland, D., Friedrich, F., Beutel, R.G., Mikó, I.

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    Formalizing Invertebrate Morphological Data: A Descriptive Model for Cuticle-Based Skeleto-Muscular Systems, an Ontology for Insect Anatomy, and their Potential Applications in Biodiversity Research and Informatics

    Systematic Biology, 5, 72

  • 2023/01

    Vogt, L.

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    The FAIREr Guiding Principles: Organizing data and metadata into semantically meaningful types of FAIR Digital Objects to increase their human explorability and cognitive interoperability

  • 2023/01

    Vogt, L., Kuhn, T., Hoehndorf, R.

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    Semantic Units: Organizing knowledge graphs into semantically meaningful units of representation

  • 2022

  • 2022/03

    Stocker, M., Heger, T., Schweidtmann, A.M., Ćwiek‐Kupczyńska, H., Penev, L., Dojchinovski, M., Willighagen, E., Vidal, M., Turki, H., Balliet, D., Tiddi, I., Kuhn, T., Mietchen, D., Karras, O., Vogt, L., Hellmann, S., Jeschke, J.M., Krajewski, P., Auer, S.

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    SKG4EOSC - Scholarly Knowledge Graphs for EOSC: Establishing a backbone of knowledge graphs for FAIR Scholarly Information in EOSC

    Research Ideas and Outcomes, 8

  • 2022/01

    Girón, J.C., Tarasov, S., González Montaña, L.A., Matentzoglu, N., Smith, A.D., Koch, M., Boudinot, B.E., Bouchard, P., Burks, R., Vogt, L., Yoder, M., Osumi-Sutherland, D., Friedrich, F., Beutel, R., Mikó, I.

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    Formalizing Insect Morphological Data: A Model-Based, Extensible Insect Anatomy Ontology and Its Potential Applications in Biodiversity Research and Informatics

  • 2021

  • 2021/12

    Stefen, C., Wagner, F., Asztalos, M., Giere, P., Grobe, P., Hiller, M., Hofmann, R., Jähde, M., Lächele, U., Lehmann, T., Ortmann, S., Peters, B., Ruf, I., Schiffmann, C., Thier, N., Unterhitzenberger, G., Vogt, L., Rudolf, M., Wehner, P., Stuckas, H.

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    Phenotyping in the era of genomics: MaTrics—a digital character matrix to document mammalian phenotypic traits

    Mammalian Biology, 1, 102

  • 2021/05

    Auer, S., Stocker, M., Vogt, L., Fraumann, G., Garatzogianni, A.

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    ORKG: Facilitating the Transfer of Research Results with the Open Research Knowledge Graph

    Research Ideas and Outcomes, 7

  • 2020

  • 2020/11

    Auer, S., Oelen, A., Haris, M., Stocker, M., D’Souza, J., Farfar, K.E., Vogt, L., Prinz, M., Wiens, V., Jaradeh, M.Y.

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    Improving Access to Scientific Literature with Knowledge Graphs

    BIBLIOTHEK Forschung und Praxis, 3, 44

  • 2020/08

    Vogt, L., D'Souza, J., Stocker, M., Auer, S.

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    Toward Representing Research Contributions in Scholarly Knowledge Graphs Using Knowledge Graph Cells

  • 2019

  • 2019/06

    Grobe, P., Baum, R., Bhatty, P., Köhler, C., Meid, S., Quast, B., Vogt, L.

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    From Data to Knowledge: A semantic knowledge graph application for curating specimen data

    Biodiversity Information Science and Standards, 3

  • 2019/06

    Vogt, L., Auer, S., Bartolomaeus, T., Buttigieg, P.L., Grobe, P., Michalik, P., Stocker, M., Usbeck, R.

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    FAIR.ReD: Semantic knowledge graph infrastructure for the life sciences

    Biodiversity Information Science and Standards, 3

  • 2019/06

    Vogt, L., Baum, R.

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    Using Named Graphs and Knowledge Graph Template Patterns for Efficiently Organizing FAIR Anatomy Data and Metadata

    Biodiversity Information Science and Standards, 3

  • 2019/06

    Vogt, L.

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    Anatomy Knowledge Graphs: Toward FAIR morphological data

    Biodiversity Information Science and Standards, 3

  • 2019/01

    Vogt, L.

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    Bona Fideness of Material Entities and Their Boundaries

  • 2017

  • 2017/04

    Vogt, L.

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    Levels and building blocks—towards a domain granularity framework for the life sciences

  • 2017/03

    Vogt, L.

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    Towards a semantic approach to numerical tree inference in phylogenetics

    Cladistics, 2, 34

  • 2016

  • 2016/11

    Vogt, L.

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    Assessing similarity: on homology, characters and the need for a semantic approach to non‐evolutionary comparative homology

    Cladistics, 5, 33

  • 2016/09

    Vogt, L.

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    Levels metaphor and building blocks—towards a domain granularity framework for the life sciences

  • 2016/08

    Hiller, M., Ansorge, H., Chavakis, T., Fickel, J., Giere, P., Grobe, P., Hampe, J., Lehmann, T., Ortmann, S., Ruf, I., Stefen, C., Tanaka, E.M., Vogt, L., Stuckas, H.

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    Discovering the genomic basis of morphological and physiological differences between mammalian species with Forward Genomics

    Mammalian Biology, 81

  • 2015

  • 2015/12

    Thessen, A., Bunker, D.E., Buttigieg, P.L., Cooper, L., Dahdul, W., Domisch, S., Franz, N.M., Jaiswal, P., Lawrence‐Dill, C.J., Midford, P., Mungall, C., Ramiréz, M.J., Specht, C.D., Vogt, L., Vos, R., Walls, R., White, J.W., Zhang, G., Deans, A., Huala, E., Lewis, S., Mabee, P.

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    Emerging semantics to link phenotype and environment

    PeerJ, 3

  • 2015/07

    Vogt, L.

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    Assessing similarity: a semantic approach to non-evolutionary comparative homology

  • 2015/01

    Deans, A., Lewis, S., Huala, E., Anzaldo, S.S., Ashburner, M., Balhoff, J.P., Blackburn, D.C., Blake, J.A., Burleigh, J.G., Chanet, B., Cooper, L., Courtot, M., Csősz, S., Cui, H., Dahdul, W., Das, S., Dececchi, T.A., Dettaı̈, A., Diogo, R., Druzinsky, R.E., Dumontier, M., Franz, N.M., Friedrich, F., Gkoutos, G.V., Haendel, M., Harmon, L.J., Hayamizu, T.F., He, Y., Hines, H.M., Ibrahim, N., Jackson, L.M., Jaiswal, P., James‐Zorn, C., Köhler, S., Lecointre, G., Lapp, H., Lawrence, C.J., Le Novère, N., Lundberg, J.G., Macklin, J., Mast, A., Midford, P., Mikó, I., Mungall, C., Oellrich, A., Osumi-Sutherland, D., Parkinson, H., Ramiréz, M.J., Richter, S., Robinson, P.N., Ruttenberg, A., Schulz, K., Segerdell, E., Seltmann, K.C., Sharkey, M.J., Smith, A.D., Smith, B., Specht, C.D., Squires, R.B., Thacker, R., Thessen, A., Fernández-Triana, J., Vihinen, M., Vize, P.D., Vogt, L., Wall, C.E., Walls, R., Monte, W., Wharton, R.A., Wirkner, C.S., Woolley, J.B., Yoder, M., Zorn, A.M., Mabee, P.

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    Finding Our Way through Phenotypes

    PLoS Biology, 1, 13

  • 2014

  • 2014/01

    Grobe, P., Vogt, L.

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    20 Documenting Morphology: Morph·D·Base

  • 2013

  • 2013/09

    Vogt, L.

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    eScience and the need for data standards in the life sciences: in pursuit of objectivity rather than truth

    Systematics and Biodiversity, 3, 11

  • 2013/07

    Vogt, L., Nickel, M., Jenner, R.A., Deans, A.R.

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    The need for data standards in zoomorphology

    Journal of Morphology, 7, 274

  • 2011

  • 2011/12

    Vogt, L.

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    Signs and terminology: Science caught between language and perception

    Bionomina, 1, 4

  • 2010

  • 2010/05

    Vogt, L.

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    Spatio-structural granularity of biological material entities

    BMC Bioinformatics, 1, 11

  • 2010/01

    Richter, S., Loesel, R., Purschke, G., Schmidt‐Rhaesa, A., Scholtz, G., Stach, T., Vogt, L., Wanninger, A., Brenneis, G., Döring, C., Faller, S., Fritsch, M., Grobe, P., Heuer, C.M., Kaul, S., Møller, O.S., Müller, C.H.G., Rieger, V., Rothe, B.H., Stegner, M.E.J., Harzsch, S.

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    Invertebrate neurophylogeny: suggested terms and definitions for a neuroanatomical glossary

    Frontiers in Zoology, 1, 7

  • 2009

  • 2009/11

    Giribet, G., Vogt, L., Pérez‐González, A., Sharma, P.P., Kury, A.B.

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    A multilocus approach to harvestman (Arachnida: Opiliones) phylogeny with emphasis on biogeography and the systematics of Laniatores

    Cladistics, 4, 26

  • 2008

  • 2008/12

    Vogt, L.

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    Learning from Linnaeus: towards developing the foundation for a general structure concept for morphology

    Zootaxa, 1, 1950

  • 2008/12

    Vogt, L.

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    The future role of bio-ontologies for developing a general data standard in biology: chance and challenge for zoo-morphology

    Zoomorphology, 3, 128

  • 2007

  • 2007/10

    Vogt, L.

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    The unfalsifiability of cladograms and its consequences

    Cladistics, 1, 24

  • 2007/05

    Vogt, L.

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    A falsificationist perspective on the usage of process frequencies in phylogenetics

    Zoologica scripta, 4, 36

  • 2005

  • 2005/01

    Bleidorn, C., Vogt, L., Bartolomaeus, T.

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    Molecular phylogeny of lugworms (Annelida, Arenicolidae) inferred from three genes

    Molecular Phylogenetics and Evolution, 3, 34

  • 2003

  • 2003/08

    Bleidorn, C., Vogt, L., Bartolomaeus, T.

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    A contribution to sedentary polychaete phylogeny using 18S rRNA sequence data

    Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research, 3, 41

  • 2003/05

    Bleidorn, C., Vogt, L., Bartolomaeus, T.

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    New insights into polychaete phylogeny (Annelida) inferred from 18S rDNA sequences

    Molecular Phylogenetics and Evolution, 2, 29

  • 2002

  • 2002/01

    Vogt, L.

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    Weighting indels as phylogenetic markers of 18S rDNA sequences in Diptera and Strepsiptera

    Organisms, Diversity & Evolution, 4, 2

  • 2002/01

    Vogt, L.

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    Testing and weighting characters

    Organisms, Diversity & Evolution, 4, 2

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