Labor für Umwelt-DNA (eDNA), Bonn

Unsere Aufgabe

Die zbm-Labore für Umwelt-DNA (eDNA) am Campus Poppelsdorf (Margarethe-Koenig-Synapse) sind auf die Extraktion von DNA aus Geweben sowie von DNA-Spuren aus Umweltproben (Wasser, Luft, Boden oder Pflanzenoberflächen) zum Zweck einer nicht-invasiven, DNA-basierten Überwachung spezialisiert. Die aus vier Reinräumen bestehende Anlage bildet eine amplikonfreie Zone (frei von amplifizierter DNA bzw. PCR-Produkten) und umfasst einen Probenvorbereitungsraum (P.3.R18) für die Aufbereitung von Boden- oder Massenproben (z. B. Sieben, Probenentnahme, Trocknen, Homogenisieren), Räume für die DNA-Extraktion aus Geweben und Mischproben (P.3.R15, P.3.R17) sowie ein Labor für Umwelt-DNA (eDNA), das auf die Extraktion von DNA-Spuren aus Wasserproben, Luftproben oder Oberflächen spezialisiert ist (P.3.R13). Die drei Extraktionslabore verfügen über eine Luftschleuse, einen Überdruck, eine UV-Dekontamination sowie zwei Laminar-Flow-Hauben, um wertvolle Proben während der Handhabung vor Kontamination zu schützen. Die Labore sind mit Pipettierrobotern (EpMotion 5075, EpMotion 96) und einem automatisierten DNA-Aufreinigungssystem (Kinfisher Flex) ausgestattet. Diese Geräte ermöglichen die parallele Bearbeitung von 96 Proben, was Zeit spart, die Effizienz erheblich steigert, potenzielle Fehler minimiert und die Reproduzierbarkeit verbessert – allesamt entscheidende Faktoren für zuverlässige Ergebnisse. Die eDNA-Laboranlage bietet Platz für bis zu 15 Nutzer gleichzeitig.

Team

Das Team des eDNA-Labors (Dr. Sarah Bourlat, Dr. Kathrin Langen und Nicole Fulgham-Scott) sorgt für eine angemessene Schulung unter Einhaltung strenger Arbeitsabläufe, einschließlich persönlicher Schutzausrüstung und sorgfältiger Reinigung vor dem Betreten des Labors, um eine Kreuzkontamination der Proben zu verhindern. Die eDNA-Reinraum-Einrichtung ist eine Neuheit am LIB und wird bereits von Mitarbeitern und Studierenden für verschiedene interne Projekte am LIB sowie für die Zusammenarbeit mit Akteuren im Bereich der Umweltüberwachung genutzt.