Labor für Umwelt-DNA (eDNA), Bonn

Die zbm-Labore für Umwelt-DNA (eDNA) am Campus Poppelsdorf (Margarethe-Koenig-Synapse) sind auf die Extraktion von DNA aus Geweben sowie von DNA-Spuren aus Umweltproben (Wasser, Luft, Boden oder Pflanzenoberflächen) spezialisiert, zum Zweck eines nicht-invasiven, DNA-basierten Monitorings.

Die Umweltprobenlabore bestehen aus vier Reinräumen und bilden eine amplikonfreie Zone (frei von amplifizierter DNA bzw. von PCR-Produkten). Sie umfassen einen Probenvorbereitungsraum für die Aufbereitung von Boden- oder Mischproben (u. a. Probenentnahme, Siebung, Trocknung, Homogenisierung), Räume für die DNA-Extraktion aus Geweben und Mischproben sowie ein Labor für Umwelt-DNA (eDNA), das auf die Extraktion von DNA-Spuren aus Wasserproben, Luftproben oder von Oberflächen spezialisiert ist. Um wertvolle Proben während der Bearbeitung vor Kontamination zu schützen, sind die drei Extraktionslabore mit einer Luftschleuse, einem Überdruck, einer UV-Dekontamination sowie zwei Sterilbänken ausgestattet. Die Labore verfügen über Pipettierroboter (EpMotion 5075, EpMotion 96) und ein automatisiertes System zur DNA-Aufreinigung (Kingfisher Flex). Diese Geräte ermöglichen es, 96 Proben gleichzeitig zu bearbeiten. Dadurch wird Zeit gespart, die Effizienz deutlich gesteigert, potenzielle Fehler minimiert und die Reproduzierbarkeit verbessert – all dies sind wesentliche Faktoren für die Erzielung zuverlässiger Ergebnisse. Die eDNA-Labore bieten insgesamt Platz für bis zu 15 Nutzerinnen und Nutzer. 

Team

Um Kreuzkontaminationen der Proben zu vermeiden, sorgt das Team des eDNA-Labors (Dr. Sarah Bourlat, Dr. Kathrin Langen und Nicole Fulgham-Scott) für eine angemessene Schulung der Nutzerinnen und Nutzer sowie die Einhaltung strenger Arbeitsabläufe, zu denen das Tragen persönlicher Schutzausrüstung und sorgfältige Reinigungsmaßnahmen vor dem Betreten der Labore gehören. Das eDNA-Reinraum-Labor ist eine Neuheit am LIB und wird bereits von Mitarbeitenden und Studierenden für verschiedene interne Projekte am LIB sowie für die Zusammenarbeit mit Akteuren im Bereich der Umweltüberwachung genutzt.