Phylogenetics and Phylogenomics

| of

2025

• 2025/1

  Schafran, P., Hauser, D.A., Nelson, J.M., Xu, X., Mueller, L.A., Kulshrestha, S., Smalley, I., de Vries, S., Irisarri, I., de Vries, J., Davies, K., Villarreal, J.C.A., Li, F.

  Show more...

  Pan-phylum genomes of hornworts reveal conserved autosomes but dynamic accessory and sex chromosomes

  Nature Plants

  https://doi.org/

2024

• 2024/9

  Zegers, J.M.S., Irisarri, I., de Vries, S., de Vries, J.

  Show more...

  Evolving circuitries in plant signaling cascades.

  Journal of Cell Science, 17, 137

  https://doi.org/

• 2024/8

  Vences, M., Sachs, M., Irisarri, I., Bartels, F., Eriksson, P.F., Künzel, S., Kurabayashi, A., Laugen, A.T., Vegso, Z.T., Bishop, C.D., Kerney, R., Arndt, H.

  Show more...

  Phylotranscriptomic relationships of the Oophila clade of green algae associated to amphibian egg masses

  Molecular Phylogenetics and Evolution

  https://doi.org/

• 2024/8

  Karbstein, K., Kösters, L., Hodač, L., Hofmann, M., Hörandl, E., Tomasello, S., Wagner, N.D., Emerson, B.C., Albach, D.C., Scheu, S., Bradler, S., de Vries, J., Irisarri, I., Li, H., Soltis, P., Mäder, P., Wäldchen, J.

  Show more...

  Species delimitation 4.0: integrative taxonomy meets artificial intelligence

  Trends in ecology & evolution, 8, 39

  https://doi.org/

• 2024/8

  Schartl, M., Woltering, J.M., Irisarri, I., Du, K., Kneitz, S., Pippel, M., Brown, T., Franchini, P., Li, J., Li, M., Adolfi, M., Winkler, S., de Freitas Sousa, J., Chen, Z., Jacinto, S., Kvon, E.Z., Correa de Oliveira, L.R., Monteiro, E., Baia Amaral, D., Burmester, T., Chalopin, D., Suh, A., Myers, E., Simakov, O., Schneider, I., Meyer, A.

  Show more...

  The genomes of all lungfish inform on genome expansion and tetrapod evolution

  Nature

  https://doi.org/

• 2024/7

  Irisarri, I., Lorente-Martínez, H., Strassert, J.F.H., Agorreta, A., Zardoya, R., San Mauro, D., de Vries, J.

  Show more...

  Early diversification of membrane intrinsic proteins (MIPs) in eukaryotes

  Genome biology and evolution

  https://doi.org/

• 2024/7

  Dhabalia Ashok, A., de Vries, S., Darienko, T., Irisarri, I., de Vries, J.

  Show more...

  Evolutionary assembly of the plant terrestrialization toolkit from protein domains

  Proceedings - Royal Society. Biological sciences/Proceedings - Royal Society. Biological Sciences, 2027, 291

  https://doi.org/

2023

• 2023/7

  Theissinger, K., Fernandes, C., Formenti, G., Bista, I., Berg, P.R., Bleidorn, C., Bombarely, A., Crottini, A., Gallo, G.R., Godoy, J.A., Jentoft, S., Malukiewicz, J., Mouton, A., Oomen, R.A., Paez, S., Palsbøll, P.J., Pampoulie, C., Ruiz-López, M.J., Secomandi, S., Svardal, H., Theofanopoulou, C., Vries, J.D., Waldvogel, A., Zhang, G., Jarvis, E.D., Bálint, M., Ciofi, C., Waterhouse, R.M., Mazzoni, C.J., Höglund, J., Aghayan, S.A., Alioto, T.S., Almudi, I., Alvarez, N., Alves, P.C., Rosario, I.R.A.d., Antunes, A., Arribas, P., Baldrian, P., Bertorelle, G., Böhne, A., Bonisoli-Alquati, A., Boštjančić, L.L., Boussau, B., Breton, C.M., Buzan, E., Campos, P.F., Carreras, C., Castro, L.F.C., Chueca, L.J., Čiampor, F., Conti, E., Cook-Deegan, R., Croll, D., Cunha, M.V., Delsuc, F., Dennis, A.B., Dimitrov, D., Faria, R., Favre, A., Fedrigo, O.D., Fernández, R., Ficetola, G.F., Flot, J., Gabaldón, T., Agius, D.R., Giani, A.M., Gilbert, M.T.P., Grebenc, T., Guschanski, K., Guyot, R., Hausdorf, B., Hawlitschek, O., Heintzman, P.D., Heinze, B., Hiller, M., Husemann, M., Iannucci, A., Irisarri, I., Jakobsen, K.S., Klinga, P., Kloch, A., Kratochwil, C.F., Kusche, H., Layton, K.K., Leonard, J.A., Lerat, E., Liti, G., Manousaki, T., Marques-Bonet, T., Matos-Maraví, P., Matschiner, M., Maumus, F., Cartney, A.M.M., Meiri, S., Melo-Ferreira, J., Mengual, X., Monaghan, M.T., Montagna, M., Mysłajek, R.W., Neiber, M.T., Nicolas, V., Novo, M., Ozretić, P., Palero, F., Pârvulescu, L., Pascual, M., Paulo, O.S., Pavlek, M., Pegueroles, C., Pellissier, L., Pesole, G., Primmer, C.R., Riesgo, A., Rüber, L., Rubolini, D., Salvi, D., Seehausen, O., Seidel, M., Studer, B., Theodoridis, S., Thines, M., Urban, L., Vasemägi, A., Vella, A., Vella, N., Vernes, S.C., Vernesi, C., Vieites, D.R., Wheat, C.W., Wörheide, G., Wurm, Y., Zammit, G.

  Show more...

  How genomics can help biodiversity conservation

  Trends in Genetics, 7, 39

2022

• 2022/3

  Formenti, G., Theißinger, K., Fernandes, C., Bista, I., Bombarely, A., Bleidorn, C., Ciofi, C., Crottini, A., Godoy, J.A., Höglund, ‎., Malukiewicz, J., Mouton, A., Oomen, R.A., Paez, S., Palsbøll, P.J., Pampoulie, C., Ruiz‐López, M.J., Svardal, H., Theofanopoulou, C., de Vries, J., Waldvogel, A., Zhang, G., Mazzoni, C.J., Jarvis, E.D., Bálint, M., Formenti, G., Theißinger, K., Fernandes, C., Bista, I., Bombarely, A., Bleidorn, C., Čiampor, F., Ciofi, C., Crottini, A., Godoy, J.A., Höglund, ‎., Malukiewicz, J., Mouton, A., Oomen, R.A., Paez, S., Palsbøll, P.J., Pampoulie, C., Ruiz‐López, M.J., Svardal, H., Theofanopoulou, C., de Vries, J., Waldvogel, A., Guojie, Z., Mazzoni, C.J., Jarvis, E.D., Bálint, M., Aghayan, S.A., Alioto, T., Almudí, I., Álvarez, N., Alves, P.C., Amorim, I.R., Antunes, A., Arribas, P., Baldrián, P., Berg, P.R., Bertorelle, G., Böhne, A., Bonisoli‐Alquati, A., Boštjančić, L.L., Boussau, B., Breton, C., Bužan, E., Campos, P.F., Carreras, C., Castro, L.F.C., Chueca, L.J., Conti, E., Cook‐Deegan, R., Croll, D., Cunha, M.V., Delsuc, F., Dennis, A.B., Dimitrov, D., Faria, R., Favre, A., Fédrigo, O., Fernández, R., Ficetola, G.F., Flot, J., Gabaldón, T., Agius, D., Gallo, G.R., Giani, A.M., Gilbert, M.T.P., Grebenc, T., Guschanski, K., Guyot, R., Hausdorf, B., Hawlitschek, O., Heintzman, P.D., Heinze, B., Hiller, M., Husemann, M., Iannucci, A., Irisarri, I., Jakobsen, K.S., Jentoft, S., Klinga, P., Kloch, A., Kratochwil, C.F., Kusche, H., Layton, K.K.S., Leonard, J.A., Lerat, E., Liti, G., Manousaki, T., Marquès‐Bonet, T., Matos‐Maraví, P., Matschiner, M., Maumus, F., Mc Cartney, A.M., Meiri, S., Melo‐Ferreira, J., Mengual, X., Monaghan, M.T., Montagna, M., Mysłajek, R.W., Neiber, M.T., Nicolas, V., Novo, M., Ozretić, P., Palero, F., Pârvulescu, L., Pascual, M., Paulo, O.S., Pavlek, M., Pegueroles, C., Pellissier, L., Pesole, G., Primmer, C.R., Riesgo, A., Rüber, L., Rubolini, D., Salvi, D., Seehausen, O., Seidel, M., Secomandi, S., Studer, B., Theodoridis, S., Thines, M., Urban, L., Vasemägi, A., Vella, A., Vella, N., Vernes, S.C., Vernesi, C., Vieites, D.R., Waterhouse, R.M., Wheat, C.W., Wörheide, G., Wurm, Y., Zammit, G.

  Show more...

  The era of reference genomes in conservation genomics

  Trends in Ecology & Evolution, 3, 37

  https://doi.org/