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Dr. habil. Astrid Böhne

  • Head of Section

Clas M. Naumann-Bau
Adenauerallee 160
53113 Bonn

Phone: +49 228 9122 365
E-Mail: a.boehne@leibniz-lib.de

Research interests

As a molecular and evolutionary biologist, I am fascinated by the phenotypic diversity on our planet. I combine molecular data such as genome or transcriptome sequences with bioinformatics to understand how genomes and their evolutionary changes contribute to apparent phenotypic differences.

My search for patterns in genomes that contribute to biodiversity motivates my research, which generally involves molecular biology, comparative and evolutionary genomics, transcriptome analyses and speciation research.

One of my current research foci is on one of the most important phenotypic differences that can exist within a species, that between the sexes. I am investigating this phenomenon in the largest vertebrate group, the fish. Here I am primarily concerned with the evolution of sex chromosomes and their influence on speciation.

In my group, we also study other adaptations of vertebrate groups and try to link these to patterns in the genome. In several projects we deal with collection material and try to obtain as much genetic information as possible. This helps us to record changes in genetic diversity along different time scales.

Projects

Publications

| of

    2025

  • 2025/01

    Oriowo, T.O., Chrysostomakis, I., Martin, S., Kukowka, S., Brown, T., Winkler, S., Myers, E.W., Boehne, A., Stange, M.

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    A chromosome-level, haplotype-resolved genome assembly and annotation for the Eurasian minnow (Leuciscidae: Phoxinus phoxinus) provide evidence of haplotype diversity

    Gigascience, 14

  • 2025/01

    Vila, M., Torrado-Blanco, L., Ryrholm, N., Romero-Pedreira, D., Conejero, M., Böhne, A., Monteiro, R., Marcussen, T., Oomen, R., Struck, T.H., Aguilera, L., Gut, M., Ferreira, F.C., Rodriguez, F.C., Gómez-Garrido, J., Alioto, T.S., Bortoluzzi, C.

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    ERGA-BGE genome ofErebia palaricaChapman, 1905: a montane butterfly endemic to North-West Iberia

  • 2025/01

    Vila, M., Marí-Mena, N., Vila, R., Riesgo, A., García-Souto, D., Lopez-Vaamonde, C., Böhne, A., Monteiro, R., Marcussen, T., Oomen, R., Struck, T.H., Gut, M., Aguilera, L., Ferreira, F.C., Rodriguez, F.C., Gómez-Garrido, J., Alioto, T.S., Bortoluzzi, C.

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    ERGA-BGE genome of the Spanish Moon MothGraellsia isabellaeGraells, 1849: a nocturnal lepidopteran protected by the Habitats Directive

  • 2025/02

    López, H., Oromí, P., Belles, X., Ylla, G., Escudero, N., Fernández, R., Böhne, A., Gut, M., Aguilera, L., Alioto, T., Ferreira, F.C., Gómez-Garrido, J., Cruz, F., Monteiro, R.

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    ERGA-BGE Reference Genome of Loboptera subterranea: a cave adapted cockroach endemic to the Canary Islands

  • 2025/01

    Chrysostomakis, I., Mozer, A., Bruno Di-Nizo, C., Fischer, D., Sargheini, N., von der Mark, L., Huettel, B., Astrin, J.J., Töpfer, T., Böhne, A.

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    A high-quality reference genome for the Ural Owl (Strix uralensis) enables investigations of cell cultures as a genomic resource for endangered species

  • 2025/01

    Pellicer, J., Garnatje, T., Vitales, D., Hidalgo, O., Valles, J., Garcia-Fernandez, A., Santos-Guerra, A., Böhne, A., Monteiro, R., Fernandez, R., Escudero, N., Wellcome Sanger Institute Tree of Life Management, Samples and Laboratory Team, ., Wellcome Sanger Institute Scientific Operations: Sequencing Operations, ., Wellcome Sanger Institute Tree of Life Core Informatics Team, ., Thomas, A., Jackson, B., Wood, J.M., Howe, K., Blaxter, M., McCarthy, S., Bortoluzzi, C.

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    ERGA-BGE genome of Cheirolophus tagananensis: an IUCN endangered shrub endemic to the Canary Islands

  • 2025/01

    Lavergne, S., Rosa, A., Peng, C., Monteiro, R., Böhne, A., Marcussen, T., Struck, T., Oomen, R.A., Genoscope Sequencing Team, ., Moussy, A., Cruaud, C., Labadie, K., Téodori, E., Demirdjian, L., Wincker, P., Oliveira, P.H., Aury, J., Brown, T.

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    ERGA-BGE genome ofAndrosace saussureiDentant, Lavergne, F. C. Boucher & S. Ibanez, a recently described plant from the rooftops of Europe

  • 2025/01

    Vasileiadou, K., Manousaki, T., Dailianis, T., Skouradakis, G., Vernadou, E., Karakasi, D., Böhne, A., Monteiro, R., Fernández, R., Escudero, N., Genoscope Sequencing Team, ., Moussy, A., Cruaud, C., Labadie, K., Demirdjian, L., Istace, B., Couloux, A., Wincker, P., Oliveira, P.H., Aury, J., Bortoluzzi, C.

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    ERGA-BGE genome ofPinctada radiata(Leach, 1814): one of the first Lessepsian migrants

  • 2025/01

    Galià-Camps, C., Pontes, M., Marcussen, T., Struck, T.H., Oomen, R., Böhne, A., Monteiro, R., Aguilera, L., Gut, M., Ferreira, F.C., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Alioto, T.S., De Panis, D.

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    ERGA-BGE Reference Genome ofPhyllidia flava(Nudibranchia: Phyllidiidae), a Relict Species Endemic to the Mediterranean Sea

  • 2025/12

    Bein, B., Chrysostomakis, I., Arantes, L.S., Brown, T., Gerheim, C., Schell, T., Schneider, C., Leushkin, E., Chen, Z., Sigwart, J., Gonzalez, V., Wong, N.L.W.S., Santos, F.R., Blom, M.P.K., Mayer, F., Mazzoni, C.J., Böhne, A., Winkler, S., Greve, C., Hiller, M.

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    Long-read sequencing and genome assembly of natural history collection samples and challenging specimens

    Genome Biology, 1, 26

  • 2025/02

    Celik, T., Lokovsek, T., Buzan, E., Böhne, A., Monteiro, R., Fernandez, R., Escudero, N., Gut, M., Aguilera, L., Camara Ferreira, F., Cruz Rodriguez, F., Gomez-Garrido, J., Alioto, T.S., Bortoluzzi, C.

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    ERGA-BGE genome of Coenonympha oedippus: an IUCN endangered European butterfly species occurring in two ecotypes

  • 2025/02

    Smith, S.H., Kukowka, S., Böhne, A.

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    Investigation of sex determination in African cichlids reveals lack of fixed sex chromosomes in wild populations

    Journal of Evolutionary Biology

  • 2024

  • 2024/12

    Mc Cartney, A.M., Formenti, G., Mouton, A., De Panis, D., Marins, L.S., Leitão, H.G., Diedericks, G., Kirangwa, J., Morselli, M., Salces-Ortiz, J., Escudero, N., Iannucci, A., Natali, C., Svardal, H., Fernández, R., De Pooter, T., Joris, G., Strazisar, M., Wood, J.M.D., Herron, K.E., Seehausen, O., Watts, P.C., Shaw, F., Davey, R.P., Minotto, A., Fernández, J.M., Böhne, A., Alegria, C., Alioto, T., Alves, P.C., Amorim, I.R., Aury, J., Backstrom, N., Baldrian, P., Baltrunaite, L., Barta, E., BedHom, B., Belser, C., Bergsten, J., Bertrand, L., Bilandija, H., Binzer-Panchal, M., Bista, I., Blaxter, M., Borges, P.A.V., Dias, G.B., Bosse, M., Brown, T., Bruggmann, R., Buena-Atienza, E., Burgin, J., Buzan, E., Cariani, A., Casadei, N., Chiara, M., Chozas, S., Čiampor, F., Crottini, A., Cruaud, C., Cruz, F., Dalen, L., De Biase, A., del Campo, J., Delic, T., Dennis, A.B., Derks, M.F.L., Diroma, M.A., Djan, M., Duprat, S., Eleftheriadi, K., Feulner, P.G.D., Flot, J., Forni, G., Fosso, B., Fournier, P., Fournier-Chambrillon, C., Gabaldon, T., Garg, S., Gissi, C., Giupponi, L., Gomez-Garrido, J., González, J., Grilo, M.L., Grüning, B., Guerin, T., Guiglielmoni, N., Gut, M., Haesler, M.P., Hahn, C., Halpern, B., Harrison, P.W., Heintz, J., Hindrikson, M., Höglund, J., Howe, K., Hughes, G.M., Istace, B., Cock, M.J., Janžekovič, F., Jonsson, Z.O., Joye-Dind, S., Koskimäki, J.J., Krystufek, B., Kubacka, J., Kuhl, H., Kusza, S., Labadie, K., Lähteenaro, M., Lantz, H., Lavrinienko, A., Leclère, L., Lopes, R.J., Madsen, O., Magdelenat, G., Magoga, G., Manousaki, T., Mappes, T., Marques, J.P., Redondo, G.I.M., Maumus, F., McCarthy, S.A., Megens, H., Melo-Ferreira, J., Mendes, S.L., Montagna, M., Moreno, J., Mosbech, M., Moura, M., Musilova, Z., Myers, E., Nash, W.J., Nater, A., Nicholson, P., Niell, M., Nijland, R., Noel, B., Noren, K., Oliveira, P.H., Olsen, R., Ometto, L., Oomen, R.A., Ossowski, S., Palinauskas, V., Palsson, S., Panibe, J.P., Pauperio, J., Pavlek, M., Payen, E., Pawlowska, J., Pellicer, J., Pesole, G., Pimenta, J., Pippel, M., Pirttilä, A.M., Poulakakis, N., Rajan, J., M.C. Rego, R., Resendes, R., Resl, P., Riesgo, A., Rodin-Morch, P., Soares, A.E.R., Fernandes, C.R., Romeiras, M.M., Roxo, G., Rüber, L., Ruiz-Lopez, M.J., Saarma, U., da Silva, L.P., Sim-Sim, M., Soler, L., Sousa, V.C., Santos, C.S., Spada, A., Stefanovic, M., Steger, V., Stiller, J., Stöck, M., Struck, T.H., Sudasinghe, H., Tapanainen, R., Tellgren-Roth, C., Trindade, H., Tukalenko, Y., Urso, I., Vacherie, B., Van Belleghem, S.M., Van Oers, K., Vargas-Chavez, C., Velickovic, N., Vella, N., Vella, A., Vernesi, C., Vicente, S., Villa, S., Pettersson, O.V., Volckaert, F.A.M., Voros, J., Wincker, P., Winkler, S., Ciofi, C., Waterhouse, R.M., Mazzoni, C.J.

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    The European Reference Genome Atlas: piloting a decentralised approach to equitable biodiversity genomics

    npj Biodiversity, 1, 3

  • 2024/12

    Böhne, A., Fernández, R., Leonard, J.A., McCartney, A.M., McTaggart, S., Melo-Ferreira, J., Monteiro, R., Oomen, R.A., Vinnere Pettersson, O., Struck, T.H.

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    Contextualising samples: supporting reference genomes of European biodiversity through sample and associated metadata collection

    npj Biodiversity, 1, 3

  • 2024/03

    Bein, B., Chrysostomakis, I., Arantes, L., Brown, T., Gerheim, C., Schell, T., Schneider, C., Leushkin, E., Chen, Z., Sigwart, J., Gonzalez, V., Wong, L., Santos, F., Blom, M., Mayer, F., Mazzoni, C., Boehne, A., Winkler, S., Greve, C., Hiller, M.

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    Long-read sequencing and genome assembly of natural history collection samples and challenging specimens

  • 2024/07

    Blumer, L.M., Burskaia, V., Artiushin, I., Saha, J., Camacho Garcia, J., Elkin, J., Fischer, B., Zhou, C., Gresham, S., Malinsky, M., Linderoth, T., Sawasawa, W., Bista, I., Hickey, A., Kucka, M., Louzada, S., Zatha, R., Yang, F., Rusuwa, B., Santos, M.E., Chan F, Y.F., Joyce DA, D.A., Böhne, A., Miska, E.A., Ngochera, M., Turner, G.F., Durbin, R., Svardal, H.

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    Introgression dynamics of sex-linked chromosomal inversions shape the Malawi cichlid adaptive radiation

  • 2024/07

    Ventura, M., Franch, N., Fernández, R., Palma-Guerrero, J., Böhne, A., Monteiro, R., Aguilera, L., Gut, M., Alioto, T.S., Câmara Ferreira, F., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Haggerty, L., Martin, F., Brown, T.

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    ERGA-BGE genome ofValencia hispanica(Valenciennes, 1826): a critically endangered Iberian toothcarp

  • 2024/12

    Lozano-Fernandez, J., Domènech, M., Ibos, A., Marcussen, T., Struck, T.H., Oomen, R., Böhne, A., Monteiro, R., Aguilera, L., Gut, M., Câmara Ferreira, F., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Alioto, T.S., De Panis, D.

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    ERGA-BGE Reference Genome of Gluvia dorsalis: An Endemic Sun Spider from Iberian Arid Regions

  • 2024/11

    Buzan, E., Bončina, A., Pokorny, B., Escudero, N., Fernández, R., Böhne, A., Monteiro, R., Gut, M., Câmara Ferreira, F., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Alioto, T.S., Haggerty, L., Martin, F., De Panis, D.

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    ERGA-BGE Reference Genome of the Northern chamois (Rupicapra rupicapra): Europe’s most abundant mountain ungulate

  • 2024/12

    Janžekovič, F., Buzan, E., Bončina, A., Escudero, N., Fernández, R., Böhne, A., Monteiro, R., Aguilera, L., Gut, M., Ferreira, F.C., Cruz, F., Gómez-Garrido, J., Alioto, T.S., Haggerty, L., Martin, F., De Panis, D.

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    ERGA-BGE Reference Genome of the Striped Field Mouse (Apodemus agrarius), a Widespread and Abundant Species in Central and Eastern Europe

  • 2023

  • 2023/01

    Lichilín, N., Salzburger, W., Böhne, A.

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    No evidence for sex chromosomes in natural populations of the cichlid fishAstatotilapia burtoni

    G3, 3, 13

  • 2023/08

    Flury, J.M., Meusemann, K., Martin, S., Hilgers, L., Spanke, T., Böhne, A., Herder, F., Mokodongan, D.F., Altmüller, J., Wowor, D., Misof, B., Nolte, A.W., Schwarzer, J.

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    Potential contribution of ancient introgression to the evolution of a derived reproductive strategy in ricefishes

    Genome biology and evolution, 8, 15

  • 2023/07

    Theissinger, K., Fernandes, C., Formenti, G., Bista, I., Berg, P.R., Bleidorn, C., Bombarely, A., Crottini, A., Gallo, G.R., Godoy, J.A., Jentoft, S., Malukiewicz, J., Mouton, A., Oomen, R.A., Paez, S., Palsbøll, P.J., Pampoulie, C., Ruiz-López, M.J., Secomandi, S., Svardal, H., Theofanopoulou, C., Vries, J.D., Waldvogel, A., Zhang, G., Jarvis, E.D., Bálint, M., Ciofi, C., Waterhouse, R.M., Mazzoni, C.J., Höglund, J., Aghayan, S.A., Alioto, T.S., Almudi, I., Alvarez, N., Alves, P.C., Rosario, I.R.A.d., Antunes, A., Arribas, P., Baldrian, P., Bertorelle, G., Böhne, A., Bonisoli-Alquati, A., Boštjančić, L.L., Boussau, B., Breton, C.M., Buzan, E., Campos, P.F., Carreras, C., Castro, L.F.C., Chueca, L.J., Čiampor, F., Conti, E., Cook-Deegan, R., Croll, D., Cunha, M.V., Delsuc, F., Dennis, A.B., Dimitrov, D., Faria, R., Favre, A., Fedrigo, O.D., Fernández, R., Ficetola, G.F., Flot, J., Gabaldón, T., Agius, D.R., Giani, A.M., Gilbert, M.T.P., Grebenc, T., Guschanski, K., Guyot, R., Hausdorf, B., Hawlitschek, O., Heintzman, P.D., Heinze, B., Hiller, M., Husemann, M., Iannucci, A., Irisarri, I., Jakobsen, K.S., Klinga, P., Kloch, A., Kratochwil, C.F., Kusche, H., Layton, K.K., Leonard, J.A., Lerat, E., Liti, G., Manousaki, T., Marques-Bonet, T., Matos-Maraví, P., Matschiner, M., Maumus, F., Cartney, A.M.M., Meiri, S., Melo-Ferreira, J., Mengual, X., Monaghan, M.T., Montagna, M., Mysłajek, R.W., Neiber, M.T., Nicolas, V., Novo, M., Ozretić, P., Palero, F., Pârvulescu, L., Pascual, M., Paulo, O.S., Pavlek, M., Pegueroles, C., Pellissier, L., Pesole, G., Primmer, C.R., Riesgo, A., Rüber, L., Rubolini, D., Salvi, D., Seehausen, O., Seidel, M., Studer, B., Theodoridis, S., Thines, M., Urban, L., Vasemägi, A., Vella, A., Vella, N., Vernes, S.C., Vernesi, C., Vieites, D.R., Wheat, C.W., Wörheide, G., Wurm, Y., Zammit, G.

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    How genomics can help biodiversity conservation

    Trends in Genetics, 7, 39

  • 2023/08

    Stolle, E., Guiglielmoni, N., Kirangwa, J., Kukowka, S., Meitzel, T., Cartney, A.M.M., Heilmann-Heimbach, S., Becker, K., Köhrer, K., Böhne, A.

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    Reference genome sequence of the solitary bee Camptopoeum friesei Mocsáry, 1894 (Hymenoptera, Andrenidae)

    bioRxiv

  • 2023/04

    Tarkhnishvili, D., Yanchukov, A., Böhne, A.

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    Editorial: Advantages, limitations, and evolutionary constraints of asexual reproduction: An empirical approach

    Frontiers in Ecology and Evolution, 11

  • 2023/08

    Smith, S.H., Hsiung, K., Böhne, A.

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    Evaluating the role of sexual antagonism in the evolution of sex chromosomes: new data from fish

    Current Opinion in Genetics & Development, 81

  • 2023/09

    Dubin, A., Parker, J., Böhne, A., Roth, O.

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    Sexual antagonism and sex determination in three syngnathid species alongside a male pregnancy gradient

  • 2023/12

    Böhne, A., Oğuzhan, Z., Chrysostomakis, I., Vitt, S., Meuthen, D., Martin, S., Kukowka, S., Thünken, T.

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    Evidence for selfing in a vertebrate from whole-genome sequencing

    Genome Research, 12, 33

  • 2022

  • 2022/01

    Parker, J., Dubin, A., Schneider, R., Wagner, K., Jentoft, S., Böhne, A., Bayer, T., Roth, O.

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    Immunological tolerance in the evolution of male pregnancy

    Molecular ecology, 4, 32

  • 2022/02

    Hilgers, L., Roth, O., Nolte, A.W., Schüller, A., Spanke, T., Flury, J.M., Utama, I.V., Altmüller, J., Wowor, D., Misof, B., Herder, F., Böhne, A., Schwarzer, J.

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    Inflammation and convergent placenta gene co-option contributed to a novel reproductive tissue

    Current Biology, 3, 32

  • 2022/03

    Formenti, G., Theißinger, K., Fernandes, C., Bista, I., Bombarely, A., Bleidorn, C., Ciofi, C., Crottini, A., Godoy, J.A., Höglund, ‎., Malukiewicz, J., Mouton, A., Oomen, R.A., Paez, S., Palsbøll, P.J., Pampoulie, C., Ruiz‐López, M.J., Svardal, H., Theofanopoulou, C., de Vries, J., Waldvogel, A., Zhang, G., Mazzoni, C.J., Jarvis, E.D., Bálint, M., Formenti, G., Theißinger, K., Fernandes, C., Bista, I., Bombarely, A., Bleidorn, C., Čiampor, F., Ciofi, C., Crottini, A., Godoy, J.A., Höglund, ‎., Malukiewicz, J., Mouton, A., Oomen, R.A., Paez, S., Palsbøll, P.J., Pampoulie, C., Ruiz‐López, M.J., Svardal, H., Theofanopoulou, C., de Vries, J., Waldvogel, A., Guojie, Z., Mazzoni, C.J., Jarvis, E.D., Bálint, M., Aghayan, S.A., Alioto, T., Almudí, I., Álvarez, N., Alves, P.C., Amorim, I.R., Antunes, A., Arribas, P., Baldrián, P., Berg, P.R., Bertorelle, G., Böhne, A., Bonisoli‐Alquati, A., Boštjančić, L.L., Boussau, B., Breton, C., Bužan, E., Campos, P.F., Carreras, C., Castro, L.F.C., Chueca, L.J., Conti, E., Cook‐Deegan, R., Croll, D., Cunha, M.V., Delsuc, F., Dennis, A.B., Dimitrov, D., Faria, R., Favre, A., Fédrigo, O., Fernández, R., Ficetola, G.F., Flot, J., Gabaldón, T., Agius, D., Gallo, G.R., Giani, A.M., Gilbert, M.T.P., Grebenc, T., Guschanski, K., Guyot, R., Hausdorf, B., Hawlitschek, O., Heintzman, P.D., Heinze, B., Hiller, M., Husemann, M., Iannucci, A., Irisarri, I., Jakobsen, K.S., Jentoft, S., Klinga, P., Kloch, A., Kratochwil, C.F., Kusche, H., Layton, K.K.S., Leonard, J.A., Lerat, E., Liti, G., Manousaki, T., Marquès‐Bonet, T., Matos‐Maraví, P., Matschiner, M., Maumus, F., Mc Cartney, A.M., Meiri, S., Melo‐Ferreira, J., Mengual, X., Monaghan, M.T., Montagna, M., Mysłajek, R.W., Neiber, M.T., Nicolas, V., Novo, M., Ozretić, P., Palero, F., Pârvulescu, L., Pascual, M., Paulo, O.S., Pavlek, M., Pegueroles, C., Pellissier, L., Pesole, G., Primmer, C.R., Riesgo, A., Rüber, L., Rubolini, D., Salvi, D., Seehausen, O., Seidel, M., Secomandi, S., Studer, B., Theodoridis, S., Thines, M., Urban, L., Vasemägi, A., Vella, A., Vella, N., Vernes, S.C., Vernesi, C., Vieites, D.R., Waterhouse, R.M., Wheat, C.W., Wörheide, G., Wurm, Y., Zammit, G.

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    The era of reference genomes in conservation genomics

    Trends in Ecology & Evolution, 3, 37

  • 2021

  • 2021/09

    Taher, A.E., Ronco, F., Matschiner, M., Salzburger, W., Böhne, A.

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    Dynamics of sex chromosome evolution in a rapid radiation of cichlid fishes

    Science advances, 36, 7

  • 2021/07

    Lichilín, N., Taher, A.E., Böhne, A.

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    Sex-biased gene expression and recent sex chromosome turnover

    Philosophical transactions - Royal Society. Biological sciences, 1833, 376

  • 2020

  • 2020/11

    Taher, A.E., Böhne, A., Boileau, N., Ronco, F., Indermaur, A., Widmer, L., Salzburger, W.

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    Gene expression dynamics during rapid organismal diversification in African cichlid fishes

    Nature ecology & evolution, 2, 5

  • 2020/11

    Matschiner, M., Böhne, A., Ronco, F., Salzburger, W.

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